Cómo gestionar paquetes Flatpak de forma cómoda y segura en Linux

Si usas Linux a diario, tarde o temprano acabas topándote con los paquetes Flatpak y su particular forma de gestionarlos. No funcionan igual que los típicos .deb o .rpm y, aunque al principio pueden imponer un poco, lo cierto es que ofrecen un montón de ventajas en cuanto a compatibilidad, aislamiento y seguridad.

En este artículo vamos a ver cómo gestionar paquetes Flatpak de forma cómoda, tanto desde la terminal como con herramientas gráficas especializadas como Warehouse o Flatseal. La idea es que termines de leer con la sensación de tener el tema por la mano, sin miedo a romper nada y sabiendo exactamente qué hace cada comando y cada opción.

Qué es Flatpak y por qué merece la pena usarlo

Flatpak es un sistema de distribución de aplicaciones para Linux pensado sobre todo para programas de escritorio, que busca algo similar a lo que hacen las apps en Android: empaquetar todo lo necesario para que cada aplicación funcione de forma independiente del sistema base.

A diferencia de los gestores de paquetes clásicos, Flatpak ejecuta las aplicaciones en un entorno aislado o “sandbox”. Gracias a esto, el software va mucho más separado del sistema operativo, se reduce el riesgo de que una app rompa algo crítico y se pueden aplicar políticas de permisos más estrictas aprovechando los Portales de Escritorio XDG.

Una de sus claves es que usa entornos de ejecución o runtimes compartidos: en vez de que cada paquete lleve todas las bibliotecas duplicadas, muchas apps comparten una misma base como org.freedesktop.Platform, org.gnome.Platform o org.kde.Platform. Eso ahorra espacio y hace que las actualizaciones de esos runtimes beneficien a todas las aplicaciones que los usan.

Además, Flatpak no depende de un demonio siempre en segundo plano. Solo se ejecuta cuando hace falta instalar, actualizar o lanzar algo, lo que lo convierte en una solución bastante ligera. Y, detalle importante, permite instalar aplicaciones a nivel de usuario sin necesidad de permisos de superusuario, algo muy interesante en entornos compartidos o cuando no quieres tocar demasiado el sistema.

Por si fuera poco, estamos hablando de un ecosistema descentralizado y abierto. No hay una única empresa controlándolo todo: cualquiera puede montar su propio repositorio (los famosos “remotos”), aunque el más popular con diferencia es Flathub, que se ha convertido en el centro neurálgico para conseguir aplicaciones Flatpak actualizadas.

Flatpak frente a APT y Snap: diferencias prácticas

En distribuciones como Ubuntu conviven varios sistemas de gestión de paquetes. APT se ocupa de los .deb clásicos del sistema, Snap trabaja también con paquetes universales y Flatpak se centra en el escritorio con su propia filosofía. Saber en qué se diferencian te ayuda a elegir bien en cada caso.

Con Flatpak, tareas como buscar, instalar, listar, actualizar o eliminar aplicaciones se hacen con comandos del estilo:

• Buscar: flatpak search palabra_clave
• Instalar: flatpak install flathub app.id
• Listar apps: flatpak list --app
• Ver info: flatpak info app.id
• Actualizar todo: flatpak update
• Eliminar app: flatpak uninstall app.id
• Limpiar restos: flatpak uninstall --unused

En comparación, APT usa comandos como apt search, sudo apt install o sudo apt autoremove, y Snap recurre a snap find, sudo snap install o sudo snap refresh. Cada sistema tiene su gracia: APT es ideal para el propio sistema y bibliotecas compartidas; Snap enfatiza las actualizaciones automáticas y la compatibilidad entre versiones; Flatpak se siente más natural para las aplicaciones de escritorio modernas con permisos detallados.

En cuanto a características, Flatpak ofrece sandboxing fuerte, instalaciones de usuario sin root, arranque rápido y tamaños de paquetes medios (generalmente más grandes que un .deb, pero más ligeros que muchos snaps). No fuerza actualizaciones automáticas, de modo que tú decides cuándo quieres actualizar tu colección de apps.

Instalar Flatpak en tu distribución Linux

Antes de poder gestionar nada, toca asegurarse de que Flatpak está instalado y bien configurado en tu sistema. En muchas distros modernas viene de serie, pero en otras hay que tirar de gestor de paquetes clásico para dejarlo listo.

En sistemas basados en Debian y Ubuntu, lo habitual es usar APT para instalar el soporte de Flatpak. En versiones recientes de Ubuntu basta con instalar el paquete correspondiente desde los repos oficiales y, si quieres integración con la tienda gráfica, añadir el plugin que corresponda. La guía típica de instalación de Ubuntu suele incluir ya este paso como parte de la puesta a punto.

En otras distribuciones como Fedora, el soporte de Flatpak suele venir activado desde hace varias versiones, así que en muchos casos solo tendrás que añadir el remoto de Flathub y ponerte a instalar software. En Arch Linux se recurre a pacman para instalar el paquete flatpak, mientras que en openSUSE o Linux Mint los repositorios oficiales también incluyen Flatpak y, en el caso de Mint, se integra bastante bien con el gestor gráfico de software.

Si quieres ir a lo concreto, la instalación desde terminal en muchas distros pasa por algo como:

• sudo apt install flatpak en sistemas tipo Ubuntu o Debian
• sudo yum install flatpak en distros que sigan usando yum o dnf
• sudo pacman -S flatpak en Arch y derivados

Una vez instalado el motor, es imprescindible añadir Flathub como remoto para acceder a la mayoría de aplicaciones. Esto se hace con:

flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo

Después de esto, puedes comprobar que todo está correcto ejecutando comandos como flatpak --version o listando los remotos disponibles con flatpak remotes. Si Flathub aparece en la lista, ya estás preparado para empezar a instalar aplicaciones.

Arquitectura básica de Flatpak: runtimes, IDs y remotos

Para manejar bien los paquetes Flatpak conviene entender un poco cómo organiza internamente las aplicaciones. No hace falta volverse loco, pero tener claros algunos conceptos ahorra sustos y confusiones.

En primer lugar están los runtimes o entornos de ejecución compartidos. Se trata de conjuntos de bibliotecas y componentes comunes que varias aplicaciones aprovechan, lo que reduce duplicidades. Entre los más habituales encontrarás:

• org.freedesktop.Platform, que actúa como base genérica con las librerías esenciales
• org.gnome.Platform, orientado a aplicaciones creadas para el entorno de escritorio GNOME
• org.kde.Platform, destinado a software basado en KDE/Qt
• org.freedesktop.Sdk, pensado para desarrollo, con herramientas y bibliotecas extra

Cada aplicación Flatpak tiene un identificador en formato DNS inverso, lo que puede resultar algo largo pero es muy claro. Ejemplos típicos serían org.gimp.GIMP, org.mozilla.Firefox, com.visualstudio.code o io.github.flattool.Warehouse. Este ID es el que usarás en la mayoría de comandos de instalación, ejecución y desinstalación.

Luego están las ramas y versiones, que permiten diferenciar entre canales estables, beta o nightly. Muchos remotos proporcionan ramas alternativas para probar nuevas versiones sin tocar la estable. A nivel práctico, cuando instalas desde Flathub sueles quedarte con la rama estable por defecto, pero puedes especificar otra si el desarrollador la ofrece.

Por último, los remotos o repositorios son las fuentes desde las que obtenemos aplicaciones y runtimes. Flathub domina el panorama, pero también existen remotos como GNOME Nightly, KDE, Fedora o Flathub Beta, además de repos privados que puedas añadir tú mismo a mano.

Comandos esenciales para gestionar paquetes Flatpak

Más allá de las herramientas gráficas, la terminal sigue siendo la forma más directa y transparente de gestionar Flatpak. Con unos pocos comandos cubres prácticamente todo el ciclo de vida de una aplicación.

Si quieres buscar aplicaciones disponibles en Flathub desde la consola, puedes usar:

flatpak search nombredelpaquete

Una vez que encuentres la aplicación que te interesa, verás su Application ID y el remoto desde el que se puede instalar. Con esos datos ya puedes pasar a la instalación propiamente dicha.

Para instalar paquetes Flatpak hay dos caminos principales. Si descargas un fichero .flatpakref desde la web oficial de la aplicación (por ejemplo, desde la página de Opera en Flathub), basta con situarte en el directorio de descarga y ejecutar:

flatpak install com.opera.Opera.flatpakref

La otra vía es instalar desde el remoto, algo muy habitual con Flathub. En este caso, el comando típico sería:

flatpak install flathub com.opera.Opera

En ambos casos, durante el proceso de instalación podrás elegir si quieres instalar la aplicación a nivel de sistema o solo para tu usuario. Cuando optas por el nivel de sistema, los archivos se almacenan en /var/lib/flatpak/app y la app queda disponible para todos los usuarios. Si eliges instalación de usuario, la ruta será ~/.local/share/flatpak/app y solo tú verás esa aplicación.

A nivel práctico, la instalación de sistema ahorra espacio cuando varios usuarios comparten las mismas apps, mientras que la de usuario ofrece algo más de privacidad y flexibilidad, sobre todo si quieres probar cosas sin tocar el resto del sistema.

Para actualizar las aplicaciones Flatpak, lo más sencillo es ejecutar:

flatpak update

Si prefieres forzar la actualización solo para tu usuario, puedes usar algo como:

flatpak update --user

También existe la posibilidad de actualizar una aplicación concreta indicando su ID, o incluso de usar el alias flatpak upgrade, que hace exactamente lo mismo que update.

En cuanto a ejecutar aplicaciones ya instaladas, tienes la opción habitual del menú de aplicaciones del escritorio, pero también puedes tirarte a la consola con:

flatpak run nombredelpaquete

Si lo que quieres es ver qué tienes instalado, el comando es:

flatpak list

Y si necesitas detalles concretos de una aplicación, como tamaño, origen, permisos y demás, puedes usar:

flatpak info nombredelpaquete

Para desinstalar una app concreta, el comando típico es:

flatpak uninstall nombredelpaquete

Y cuando quieras hacer limpieza general de runtimes y componentes que ya no usa ninguna aplicación, lo suyo es lanzar:

flatpak uninstall --unused

Estos comandos cubren prácticamente todo lo que un usuario medio necesita para defenderse con Flatpak desde terminal, sin necesidad de herramientas externas, aunque como veremos enseguida existen utilidades gráficas realmente cómodas.

Permisos, sandboxing y gestión avanzada con Flatseal

Una de las grandes bazas de Flatpak es su modelo de permisos granular, que permite decidir qué puede hacer exactamente cada aplicación: qué carpetas del sistema de archivos ve, si accede a la red, qué dispositivos físicos puede usar, etc.

Todo esto se sustenta en los Portales de Escritorio XDG, una serie de interfaces estándar que actúan como intermediarios entre la app aislada y el sistema. En lugar de dar acceso directo, la aplicación pide permiso al portal, que se encarga de presentar diálogos al usuario (por ejemplo, un selector de archivos) y de aplicar las restricciones.

Hay diferentes tipos de portal, incluyendo los destinados a selección de archivos, impresión, captura y grabación de pantalla, notificaciones, acceso a dispositivos como cámara y micrófono, geolocalización o conectividad de red. Cada aplicación declara qué necesita y el sistema decide cómo responder.

A nivel de línea de comandos, los permisos se expresan con opciones como --filesystem=home o --filesystem=host para el acceso al sistema de archivos, --device=dri o --device=all para dispositivos, --socket=x11, --socket=wayland o --socket=pulseaudio para sockets gráficos y de audio, y parámetros como --share=network o --share=ipc para controlar la red y la comunicación entre procesos.

Si no quieres pelearte con toda esta sintaxis, puedes tirar de Flatseal, una herramienta gráfica centrada en gestionar los permisos de aplicaciones Flatpak. Se instala como cualquier otra app desde Flathub y te presenta una lista de aplicaciones con todos sus permisos bien ordenados.

Con Flatseal puedes activar o desactivar permisos concretos con un simple interruptor, ver de un vistazo qué está usando cada programa, restablecer permisos a los valores por defecto cuando te pases toqueteando o simplemente curiosear cómo vienen configuradas las apps más sensibles. Es ideal para quien quiere un control fino de la seguridad sin tener que recordar parámetros complicados.

Warehouse: la navaja suiza gráfica para tus Flatpak

Más allá de Flatseal, que se centra sobre todo en permisos, existe una herramienta que se ha ganado un hueco propio entre los usuarios de Flatpak: Warehouse, una GUI pensada específicamente para gestionar aplicaciones en este formato, sin distracciones ni funciones que no vengan a cuento.

Warehouse es una aplicación Flatpak con interfaz muy en la línea de GNOME, minimalista y limpia, pero con una cantidad brutal de funciones para controlar todo lo que tenga que ver con tus paquetes. No pretende ser una tienda de apps al uso, sino una caja de herramientas clara, ligera y rápida.

Nada más abrirla, te encuentras con un listado de todas las aplicaciones Flatpak instaladas. A la izquierda aparecen los nombres de los programas y a la derecha tienes iconos de información y menús contextuales donde se concentran las acciones más importantes: abrir la aplicación, desinstalarla, eliminar los datos de usuario, desactivar las actualizaciones o gestionar instantáneas, entre otras cosas.

La sección de información es bastante completa: Warehouse muestra el tamaño de los datos de usuario, el runtime que utiliza la aplicación, el ID completo, la versión, el origen, el tamaño total del paquete y otros detalles útiles. Esto te permite saber qué apps están engordando tu carpeta de usuario o qué runtimes deberías purgar si ya no los necesita nadie.

Una de las funciones que más brillan en Warehouse es la gestión de instantáneas (snapshots) de los datos de usuario. Puedes crear copias de la configuración de una o varias aplicaciones y luego restaurarlas en el mismo equipo o en otro distinto, lo que viene genial para migrar ajustes sin volverte loco buscando carpetas ocultas. Aunque la opción de “exportar” estas instantáneas para moverlas entre máquinas no aparece como una función directa en el menú, es relativamente sencillo localizar esos archivos y usarlos como copias de seguridad.

En la parte superior derecha de la interfaz verás una marca de verificación que permite seleccionar varias apps a la vez. Desde ahí puedes aplicar acciones por lotes, como crear instantáneas, borrar datos de usuario en masa o desinstalar varias aplicaciones de una sola tacada, lo que agiliza muchísimo el mantenimiento cuando llevas tiempo acumulando software.

Junto a esta marca aparece un menú de tres puntos que da acceso a opciones globales, como gestionar los datos sobrantes (restos de configuraciones de aplicaciones ya eliminadas), administrar remotos o tiendas Flatpak, instalar desde archivo .flatpakref o incluso lanzar instalaciones desde la web, integrándose con Flathub y otros repositorios.

Warehouse también cuenta con funciones avanzadas como cambiar la versión de un Flatpak para revertir una actualización, fijar runtimes o enmascarar paquetes para evitar que se actualicen, filtrar paquetes para encontrar rápidamente lo que buscas, ver los datos actuales de usuario y eliminar restos no utilizados, agregar repositorios populares con un clic o añadir remotos personalizados cuando lo necesites.

Para completar el cuadro, la interfaz es adaptable a pantallas grandes y pequeñas, y al no arrastrar dependencias innecesarias se nota especialmente rápida comparada con tiendas genéricas como GNOME Software o Discover, que intentan cubrir demasiados formatos a la vez.

En distros como Deepin, donde Flatpak juega un papel importante en la instalación de aplicaciones, Warehouse se ha convertido prácticamente en una herramienta imprescindible. Una vez tengas Flatpak operativo, la puedes instalar con:

flatpak install flathub io.github.flattool.Warehouse

Y si quieres sin reiniciar la sesión de usuario, basta con:

flatpak run io.github.flattool.Warehouse

En general, Warehouse es la opción ideal para quienes ya conocen Flatpak y solo necesitan una interfaz clara y afinada para gestionarlo sin depender de la terminal, pero manteniendo un nivel de control muy superior al de una simple “tienda de apps”.

Gestión avanzada de datos, copias y rendimiento en Flatpak

Más allá de la instalación y la desinstalación básicas, Flatpak ofrece herramientas potentes para gestionar datos de usuario, exportar aplicaciones y optimizar espacio en disco, algo que se vuelve clave cuando empiezas a acumular software y runtimes.

Gracias a que cada aplicación Flatpak está relativamente aislada, es posible aplicar medidas bastante agresivas de limpieza sin miedo a romper el sistema operativo. Eso sí, hay que ser consciente de que los datos personales de las apps (configuraciones, perfiles, etc.) son, en muchos casos, más valiosos que el propio sistema, así que conviene revisar bien lo que borras.

Warehouse facilita mucho esta tarea al permitir borrar datos de usuario de forma individual o por lotes, así como gestionar los “datos sobrantes” de aplicaciones que ya no están instaladas. También te deja reinstalar aplicaciones dejando claro qué configuración antigua se va a reutilizar, o directamente empezar de cero si prefieres.

Para quien prefiera la terminal, comandos como flatpak uninstall --unused ayudan a eliminar runtimes y dependencias que ya no son necesarios. Además, puedes exportar aplicaciones o respaldar instalaciones completas usando las opciones avanzadas de la CLI, algo interesante en entornos donde necesitas replicar el mismo conjunto de programas en varias máquinas.

En cuanto a rendimiento, hay varias buenas prácticas: usar Wayland en lugar de XWayland cuando puedas para mejorar el arranque y la integración, conceder de antemano los permisos que la aplicación necesita para evitar sobrecarga de portales, intentar utilizar runtimes nativos al escritorio que uses (apps GNOME en GNOME, KDE en KDE) y ser prudente al relajar el sandboxing de aplicaciones muy sensibles.

Para las actualizaciones, una opción bastante eficaz es programar tareas periódicas con systemd timers o cron que ejecuten flatpak update de forma controlada, por ejemplo una vez por semana. De este modo mantienes las aplicaciones al día sin tener que estar pendiente constantemente ni depender de un demonio que se encargue por detrás sin avisar.

En cuanto a seguridad general, Flatpak se beneficia mucho de varias costumbres sencillas: instalar solo desde remotos de confianza como Flathub, revisar los permisos importantes antes de instalar o al menos la primera vez que ejecutas una app, mantener runtimes y aplicaciones razonablemente actualizados y desinstalar software que ya no uses para reducir la superficie de ataque.

Gestión de Flatpak desde la terminal: chuleta rápida

Para quienes disfrutan de la contundencia de la consola, viene bien tener una pequeña chuleta con los comandos que más se usan al gestionar Flatpak. Con esto puedes prescindir completamente de las GUIs si te apetece.

Si quieres buscar aplicaciones en Flathub sin salir del terminal:

flatpak search nombredelpaquete

Para instalar aplicaciones desde Flathub indicando el remoto y el ID de la app:

flatpak install flathub nombredelpaquete

Si lo que necesitas es desinstalar una app concreta:

flatpak uninstall nombredelpaquete

Cuando quieras limpiar todos los componentes que ya no se usan, incluidos runtimes huérfanos:

flatpak uninstall --unused

Para actualizar todas las aplicaciones y runtimes instalados de golpe:

flatpak update

Si deseas lanzar directamente una aplicación con su Application ID:

flatpak run nombredelpaquete

Cuando necesites ver todo lo que tienes instalado, tanto apps como runtimes:

flatpak list

Y si te interesa conocer los detalles de una aplicación concreta (versión, tamaño, origen, permisos efectivos, etc.):

flatpak info nombredelpaquete

Ten en cuenta que muchas veces es necesario usar el nombre completo del paquete, que suele seguir el formato DNS inverso y puede ser un poco largo. Es probablemente la parte menos cómoda cuando empiezas, pero con el tiempo te acostumbras a consultar el ID correcto desde Flathub o con flatpak info.

Si además te gusta buscar aplicaciones desde el navegador, recuerda que Flathub cuenta con un buscador web muy cómodo, y si usas DuckDuckGo puedes aprovechar el bang !flathub para ir directo a los resultados dentro de la propia tienda.

Con todo lo anterior, y combinando terminal, Flatseal para los permisos y Warehouse para la gestión avanzada, tienes prácticamente todo lo necesario para domar los paquetes Flatpak en cualquier distribución Linux moderna, disfrutando de sus ventajas de aislamiento, compatibilidad y seguridad sin renunciar a una buena experiencia de usuario.